En el siglo XIV, judíos de Alsacia, Ulm, Nuremberg, Francia, y varias ciudades del sur de Alemania comenzaron a establecerse en Neuchâtel. Biel, Vevay, Pruntrut, Solothurn, Winterthur, Sofingen y varios lugares de Aargau y Thurgau.  Durante este tiempo, los judíos de Suiza eran considerados como “Kammerknechte” (siervos de la cámara del rey) del Sacro Imperio Romano Germánico y estaban bajo su protección, siempre que pagaran un tributo anual. En 1622 todos los judíos excepto los médicos, fueron expulsados de toda Suiza, excepto de dos pueblos del cantón de Aargau (Lengnau y Endingen). Argau no se unió a la confederación suiza hasta 1803 por lo que estaba exento de exigir las expulsiones y el corregidor de Baden había decido tolerar su presencia allí, porque podía cobrarles impuestos significativos a cambio de la protección que les ofrecía. Mientras la clase alta rural presionaba por la expulsión de los judíos, los intereses económicos de las autoridades lo impedían. Impusieron impuestos especiales sobre la venta ambulante y el comercio de ganado, que eran las principales profesiones judías.  Para la comunidad judía, resultaba importante estar cerca de Baden porque sus miembros solo tenían permitido trabajar como vendedores ambulantes. En esa época, a judíos y cristianos no se les permitía vivir bajo el mismo techo, ni a los judíos se les permitía poseer tierras o casas. Fueron gravados a una tasa mucho más alta que otros. Se impuso un impuesto exorbitante sobre las licencias de matrimonio. Recién en 1809 fueron declarados ciudadanos y se les otorgaron amplios derechos en materia de comercio y agricultura, primero solo en esas ciudades y recién en 1877 se les otorgó plenos derechos de ciudadanía.

Durante el periodo en que no tenían todos los derechos, ni siquiera se les permitía enterrar a sus muertos en suelo suizo y tenían que enterrarlos en una isla llamada Judanäule (isla de los judíos) en el Rin. A partir de 1603, los judíos fallecidos de las comunidades de Surbtal, fueron enterrados en la isla fluvial arrendada por la comunidad judía, hasta que la comunidad judía solicitó en 1750, la compra de un terreno para la construcción de un cementerio cercano a sus pueblos. De este modo se estableció el cementerio de Lengnau-Endingen. Este cementerio hoy en día contiene alrededor de 2700 tumbas.

En Suiza viven unos 18,600 judíos, lo que corresponde al 0,4% de la población total.